Die Prüfung der Jahresabschlüsse bei Eigenbetrieben wurde nach Auflösung der Kommunalprüfungsämter bei den Bezirksregierungen zum 31. Dezember 2004 auf die Rechnungsprüfungsämter der Landkreise und Gemeinden übertragen.
Sie können mit der Durchführung der Jahresabschlussprüfung eine Wirtschaftsprüferin, einen Wirtschaftsprüfer, eine Wirtschaftsprüfungsgesellschaft oder andere Dritte beauftragen oder zulassen, dass die Beauftragung im Einvernehmen mit dem Rechnungsprüfungsamt unmittelbar durch den Eigenbetrieb erfolgt.
Der Jahresabschluss, der Lagebericht und die Buchführung der Eigenbetriebe werden daraufhin geprüft, ob sie den gesetzlichen Vorschriften entsprechen.